兰州大学生态学院历史可追溯到国立兰州大学1946年成立的植物学系和动物学系，1995年国家设立干旱农业生态国家重点实验室，1999年由原兰州大学生物系、教育部直属兰州大学细胞生物学研究室和植物生理学研究室、干旱农业生态国家重点实验室合并成立生命科学学院，2018年学校成立生态学创新研究院，2022年学校以生命科学学院生态学与环境科学系和生态学创新研究院为班底组建成立生态学院，学院下设行政管理中心den

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